La respuesta es si. Puedes trabajar por cuenta ajena y a la vez tener tu propio negocio. Aunque la tentación de no darse de alta de autónomos es grande, no es recomendable. Es mejor que hacienda y la seguridad social estén informadas de tu situación. De esta manera podrás emitir facturas y tener todas las garantías por si tienes algún problema en tu actividad como autónomo.
Esto se considera una situación de pluriactividad, se entiende por pluriactividad (copio y pego de la página de la Seguridad Social) la situación del trabajador por cuenta propia y/o ajena cuyas actividades den lugar a su alta obligatoria en dos o más Regímenes distintos del Sistema de la Seguridad Social.
La cuota que debe pagar un trabajador autónomo en situación de pluriactividdad, es menor que si fuera su única actividad. Esto tiene una razón poderosa, ya se cotiza por su trabajo por cuenta ajena. El trabajador en situación de pluriactividad, puede beneficiarse de una bonificación. Vamos a adentrarnos en el maravilloso mundo de las bonificaciones, esas que son objeto de deseo por todos:
Durante los primeros 18 meses, puedes obtener una bonificación de hasta el 50% de la base de mínima.
Después de esos 18 meses, no se acaba el mundo, puedes obtener una reducción de hasta el 75% de la base mínima.
NO te puedes acoger a la tarifa plana para autónomos, la pluriactividad es incompatible.
Esta es la información, siempre digo que las cosas se pueden hacer de varias maneras pero es mejor hacerlas bien, así que date de alta como autónomo.
Os dejo unos post antiguos que están relacionados y os pueden ser de ayuda:
https://cookingempresas.com/2014/12/22/facturar-sin-ser-autonomo/#more-339
https://cookingempresas.com/2014/01/29/empresario-individual-encantado-de-conocerte/